Microsoft đã lên kế hoạch ngừng hỗ trợ cho Windows 98 vào ngày 16 tháng 1 năm 2004. Tuy nhiên, do sự phổ biến liên tục của hệ điều hành (27% lượt xem trang của Google là trên các hệ thống Windows 98 trong tháng 10 năm 2003), Microsoft đã quyết định để duy trì hỗ trợ cho đến ngày 11 tháng 7 năm 2006. Hỗ trợ cho Windows Me cũng kết thúc vào ngày này. Dưới sự hỗ trợ phần mềm tối thiểu hóa, thị phần Windows 98 (SE) được công bố bởi lượt truy cập đã giảm dần xuống còn 2,7%. Windows 98 không còn có sẵn dưới bất kỳ hình thức nào do các điều khoản của các khu định cư liên quan đến Java mà Microsoft thực hiện với Sun microsystems. Năm 2011, Microsoft đã gỡ bỏ các trang web cập nhật cho Windows 98 và Windows 98 SE.